La stazione di Lagonegro venne inaugurata insieme al tratto finale della linea che portava a Sicignano degli Alburni il 25 maggio 1892. La particolarità è che questa stazione venne costruita di tipo passante, nel senso che i binari, si univano in un unico binario, che terminava poco dopo, in quanto la ferrovia avrebbe dovuto continuare verso Cosenza per poi raggiungere la costa tirrenica: il progetto non venne portato a termine mentre molto tempo dopo ne venne realizzato uno simile ma a Scartamento ridotto.
Lagonegro acquistò più importanza, quando accanto a quella FS, venne aperta la nuova stazione, questa terminale, denominata Lagonegro FCL, a servizio della linea a scartamento ridotto Lagonegro - Spezzano Albanese gestita dalle Ferrovie Calabro Lucane.
La vita della stazione procede nel corso degli anni senza grossi problemi, con un traffico viaggiatori discreto, anche se spesso veniva chiusa a causa di continue frane che interessavano la linea e non permettavano ai treni di raggiungere Lagonegro.
Nel 1978 la stazione perse la sua funzione di interscambio in quanto la ferrovia per Spezzano Albanese venne chiusa. Dal 1987, quando la ferrovia venne chiusa a causa dell'ammodernamento della linea Battipaglia – Potenza, Lagonegro non è stata mai più riaperta.